Su fondo está formato por la documentación de la antigua Universitat de Eivissa y Formentera y la antigua Cúria, y la documentación que generó o recibió el nuevo Ayuntamiento. Las principales tareas del Archivo Histórico de Eivissa durante estas dos décadas han sido la de ordenación y clasificación de los fondos documentales, la restauración y recuperación de documentos, y la difusión a través de publicaciones, exposiciones y visitas guiadas, entre otras actuaciones. 

Igualmente, las numerosas donaciones o cesiones de los particulares, han contribuido ha aumentar y enriquecer su fondo. 

De entre las secciones especiales destaca la Cartografía con mapas antiguos a partir del siglo XV, el Archivo de Imagen y Sonido Municipal (AISME) y la Hemeroteca, que cuenta con las publicaciones periódicas antiguas ya digitalizadas. También dispone de una biblioteca con fondo especializado de archivística, fondo local y de Baleares, y obras antiguas y agotadas.